Global phylogenetic distribution of C.1.2 a, Phylogenetic tree of 5,756 global sequences, including Variants of Concern (VOC), Variants of Interest (VOI), and the C.1.2 lineage, colored according to the key. Of these, 1,922 sequences are from South Africa. The tree is scaled by divergence (number of mutations) and colored by Nextstrain clade (shown in the key). The C.1.2 lineage (purple) forms a distinct, highly mutated cluster within clade 20D. b, Magnified time-scaled phylogenetic sub-tree of C.1.2 sequences with >=95% coverage data (n=54) detected across the globe, colored by province (circles for South African sequences) or by country (squares for non-South African sequences). c, Clock estimate of lineage evolution during the SARS-CoV-2 pandemic. C.1.2 samples are indicated by purple dots; all other samples are indicated by branches only. The regression line represents the average mutation rate of the SARS-CoV-2 sequences in the tree (26.6 substitutions/year). C.1.2 sequences form a sub-cluster above the regression line, suggesting an increased substitution rate above the average. Source : medrxiv

Des scientifiques sud-africains surveillent un nouveau variant du coronavirus possédant un taux de mutation inhabituel et dont la fréquence a graduellement augmenté ces derniers mois, a indiqué lundi l’Institut national des maladies transmissibles d’Afrique du Sud (NICD). Ce variant a été aussi été détecté à Maurice.

Le variant, connu sous le nom de C.1.2 a été signalé la semaine passée par la Plateforme de recherche, d’Innovation et de Séquençage du Kwazulu Natal (Krisp) dans une étude pas encore publiée.

Alors que la majorité des infections par le Covid-19 en Afrique du Sud sont actuellement provoquées par le variant Delta – identifié pour la première fois en Inde -, C.1.2 a attiré l’attention des scientifiques, car il mute presque deux fois plus vite que les autres variants déjà observés.

Jusqu’ici, C.1.2 a été détecté dans toutes les provinces sud-africaines, ainsi qu’ailleurs dans le monde, notamment en Chine, à Maurice, en Nouvelle-Zélande et au Royaume-Uni.

Global distribution of C.1.2. Maps showing the locations in which C.1.2 sequences have been detected, colored according to the number of C.1.2 sequences identified/sequenced. a, Percentage of genomes that are assigned to various SARS-CoV-2 lineages in South Africa for each of the provinces, with C.1.2 shown in purple, by epidemiological week (epiweek) for the months of May – July 2021. The number of genomes sequenced for each epiweek is shown by the black line. b, Global map highlighting South Africa, England, Portugal, Switzerland, China, the Democratic Republic of the Congo, Mauritius (shown in the magnified bubble) and New Zealand, across which 63 C.1.2 sequences have been detected. c, Map of South Africa highlighting the provinces in which C.1.2 has been detected, colored using the same color key as panel a. d, Map of South Africa showing the number of SARS-CoV-2 genomes (n=4,953 as of 13 August 2021) that have been sequenced by province in the months of May, June and July 2021, during which C.1.2 has been detected. e, Early prevalence rates of Beta, Delta and C.1.2 in South Africa based on the number of SARS-CoV-2 sequences generated for each month. Source : medrxiv

Il n’est cependant pas assez fréquent pour être qualifié de « variant digne d’intérêt » ou de « variant inquiétant », comme le sont les variant Delta et Beta – apparu en Afrique du Sud en 2020 -, tous deux très contagieux.

Les scientifiques du NICD assurent lundi que C.1.2 n’est « présent qu’à de très faibles niveaux » et qu’il est trop tôt pour déterminer son évolution.

« A ce stade, nous n’avons pas de données expérimentales pour confirmer comment il réagit, en terme de sensibilité aux anticorps », a expliqué Penny Moore, chercheuse au NICD.

Mais « nous avons une confiance considérable dans le fait que les vaccins distribués en Afrique du Sud continueront de nous protéger contre les cas graves et la mort », a-t-elle ajouté.

L’Afrique du Sud est le pays le plus touché du continent africain, avec 2,7 millions de cas recensés jusqu’ici, dont 81 830 ont été fatals.

Le variant Beta est à l’origine d’une deuxième vague de contaminations qui a touché en décembre et janvier ce pays, désormais confronté à une troisième vague, dominée par le variant Delta.